Los Infectados son un grupo de enemigos que aparecen en The Last of Us, los cuales son seres humanos infectados con el hongo cordyceps el cual los vuelve salvajes y agresivos al ser controlados por las esporas. Las variaciones en el comportamiento y sus capacidades dependen del tiempo que hayan estado infectados. Estos se dividen principalmente en cuatro etapas de desarrollo: "Runner" (Corredores ), "Stalker" (Acechadores ), "Clicker" (Chasqueadores ) y "Bloater" (Hinchados 'o Gordinflones). Los cadáveres de las personas no pueden ser reanimados por la mico-toxina Cordyceps Unilateralis, tienden a convertirse en enormes hongos, llamados Tocones, que se adhieren a los muros y despiden gran cantidad de esporas, infectando a todo humano que las inhale, reiniciando el ciclo y así preservando la especie.
Los Corredores son los infectados que se encuentran al inicio de su transformación. Debido a que el hongo se sitúa tras las cuencas, su vista es defectuosa, aunque conservan instintos humanos.Son muy rápidos y tienden a atacar en grupo. Se aconseja evitar que te rodeen.
Los Acechadores tardíos adoptan costumbres más estacionarias y son más resistentes al daño físico. Son el estado intermedio entre los Corredores y los Chasqueadores. Normalmente atacan por detras o por los lados, y no hacen ruido al caminar, asi que se aconseja al jugador a mantenerse alerta de sus alrededores.
Los Chasqueadores o Clickers han sufrido una exposición prolongada a la enfermedad. Son completamente ciegos y se guían por los sonidos que emiten. En conjunto, son los infectados más peligrosos por su fuerza, su agresividad y su extrema tolerancia al dolor. No queda en ellos ni rastro de la humanidad que tuvieron alguna vez. Son imposibles de matar con ataque cuerpo a cuerpo.
Los Chasqueadores más antiguos tienen todo su cuerpo cubierto por el crecimiento del Cordyceps. Son lentos, aunque compensan este detalle con una considerable resistencia al daño. La única manera de matarlos sigilosamente es con una daga fabricada, ya que no puedes estrangularlos.
Son la ultima fase de los infectados vivos del hongo Cordyceps. Esta clase de infectado ha estado dominado por el hongo por un tiempo relativamente largo, por lo que su cuerpo se encuentra totalmente transformado. Es lento aunque lo compensa con su gran fuerza y poder de ataque y la capacidad de arrojar sacos repletos de las infecciosas esporas del hongo. La mejor manera de matarlos es con cócteles molotov o bombas de clavos.
Su debilidad es el fuego, ya que aunque tengan una gran capa de hongos que los protege, el fuego lo debilita. Si no tienes fuego se recomienda dispararle. Este hongo se expone y al dispararle con algo de potencia (escopeta, rifle, arco, magnum) explotará. Si destruyes todas, le podrás causar bastante daño. Si no lo haces y le disparas, no le harás daño o le harás muy poco.
Esta clase de infectado único se encuentra en el área de urgencias del hospital de Seattle, convertida en la zona de cuarentena del hospital junto con las áreas de Traumatología y Cirugia. Según el grupo "Los Lobos", ocupantes actuales del hospital no inspeccionan esa zona por ser la "zona cero" de Seattle. Ahí se llevaron a los primeros infectados el día del brote pero el FREDA perdio el control del área de cuarentena del hospital y decidio sellarla. Cuando Abby tiene que buscar productos medicos para ayudar a sus amigos debe entrar en la zona.
Al no encontrar lo que busca en Traumatología, Urgencias y Cirugía, Abby decide buscar en la entrada de ambulancias, en una de ellas encuentra lo que busca pero este infectado supremo la ataca teniendo que huir y enfrentarse a él. El infectado tiene una masa basta, parece que el cordyceps ha provocado una mutación descontrolada, es un cuerpo unico en el que se han fusionado varios infectados por lo que tiene varias cabezas (chasqueadores o hinchados) y varios brazo. Es extremadamente fuerte pues parte por la mitad la ambulancia donde acorrala a Abby, es capaz de destrozar puertas de cuajo y paredes.
Es capaz de expulsar infectados de la gran masa de la que esta formado pues en su enfrentamiento con Abby expulsa a uno de ellos, con la fisionamia muy cambiada pues este infectado expulsado es capaz de lanzar pustulas como hacen los hinchados de su propio cuerpo y es tan veloz como los corredores. Sus puntos debiles son el fuego y los perdigones de escopeta. Es lento pero cuando carga mejor que no te coja pues te parte a la mitad como te enganche. Este espécimen al ser único podría ser el paciente cero de la ciudad de Seattle que tuvo una mutación unica y completamente distinta al del resto de infectados.
Al comienzo del juego, los Luciérnagas son responsables de bombardear un vehículo en un puesto de control militar, lo que hace que las tropas de Boston cierren las calles. Con el fin de llevar a la niña a su laboratorio principal, Marlene hizo un trato con un contrabandista local llamado Robert para llevar a Ellie al punto de encuentro en el Capitolio en las afueras de Boston QZ. Los Luciérnagas hicieron planes para salir silenciosamente de la ciudad, pero los militares comenzaron a provocarlos. Los Luciérnagas se volvieron violentos en respuesta, y el propio Robert fue asesinado por Joel y Tess. Después de reunirse con Marlene, son testigos de un escuadrón de soldados ejecutando Luciérnagas capturadas. Más tarde, la pareja acordó llevar a Ellie al Capitolio a cambio de las armas que Robert había vendido al grupo de la milicia, pero los Luciérnagas que iban a encontrar allí habían sido asesinados por los militares, lo que los obligó a huir. Incapaces de localizar a Ellie o los Contrabandistas, los Luciérnagas se vieron obligados a concluir que su última esperanza de cura se había ido.
Durante el año, Marlene y un puñado de los Luciérnagas de Boston supervivientes se retiraron a Salt Lake City el 23 de marzo de 2034. Se reunieron con compañeros que no habían visto en años, pero todos se entristecieron al enterarse de la muerte del equipo de extracción.
El 28 de abril de 2034, casi un año después de encargar a Joel con Ellie, una patrulla de Luciérnagas encontró a la pareja en los túneles de la ciudad de camino al hospital. Ellie, que casi se ahoga, estaba recibiendo resucitación cardiopulmonar de Joel cuando los Luciérnagas lo noquearon y la revivieron, luego los llevaron a ambos a su base principal. Mientras Ellie era llevada y preparada para la operación, los médicos le dijeron a Marlene que no podían extraerle el cerebro infectado por hongos sin matarla. Marlene dio el visto bueno a regañadientes, pero cuando Joel se enteró de la operación, mató a su guardia Ethan y se dirigió a la sala de operaciones, matando o evitando a los Luciérnagas que lo buscaban (determinado por el jugador). Joel mató al cirujano jefe cuando se negó a dejar que Joel se llevara a Ellie. Los Luciérnagas intentaron en vano acorralarlo en el área de pediatría, con Joel escapándose en un ascensor. Cuando Joel llevó a Ellie al estacionamiento, Marlene se enfrentó a él e intentó convencerle de que entregara a Ellie, ya que esto es lo que Ellie hubiera querido: salvar a la humanidad y crear una vacuna. Sin embargo, Joel, después de tomar la decisión de que no perdería a Ellie, mató a Marlene porque creía que solo vendría tras ellos.
Tras la caída del gobierno y la instauración de la Ley Marcial por parte de F.E.D.R.A. (del inglés "Federal Disaster Response Agency") la zona de cuarentena de Pittsburgh pasó a estar bajo control total de "Los Militares". Así, se instauró un régimen militar, el cuál abusaba de su poder (muestra de esto es la apropiación por parte de la población armada de las raciones de comida de forma parcial o total, dando a lugar a épocas de hambruna para los refugiados). Esta situación generalizada en todas las zonas de cuarentena llevó a la creación de un grupo paramilitar denominado "Las Luciérnagas", que consiguió persuadir a los civiles en Pittsburgh para ser apoyados en un levantamiento contra "Los Militares", aprovechando una época de escasez de víveres, y así instaurar un régimen alternativo. Tras un conflicto que derramó mucha sangre de ambos bandos, el grupo rebelde consiguió la victoria y "Las Luciérnagas" se hicieron con el control del sitio.
Ahora bien, dicho régimen empezó a disgustar a los civiles en Pittsburgh, pues debían seguir órdenes de líderes Luciérnagas externos a la zona, quienes querían llevar las revueltas con la ayuda de los supervivientes del lugar a otras zonas de cuarentena. El deseo de la población no armada de la ciudad de controlarse a sí mismos como grupo y del pensamiento de que la rebelión de otras zonas de cuarentena debía ser en exclusiva de los habitantes del lugar, llevó a otra revuelta para expulsar a los luciérnagas.
Finalmente echaron a "Las Luciérnagas" y se instituyeron como grupo. Así surgieron "Los Cazadores" quienes acabaron por perder cualquier atisbo de moralidad, importando solo la supervivencia del grupo, y siendo hostiles a cualquiera externo a este (denominado "turista") o bien a cualquier miembro que rehusase o contradijese las órdenes del líder.
Joel y Ellie se encuentran con ellos cuando conducen por Pittsburgh en un camión. Al principio intentan engañarles para que se detengan a ayudarles, pero Joel sigue adelante. Se abren paso a través del grupo, pero poco después un autobús les golpea y se estrellan.
Después de escapar, huyen a través de la ciudad hasta un puente, enfrentándose a más cazadores por el camino.
Este grupo ha dominado Seattle durante los últimos quince años, después de recuperar la ciudad de manos del ejército cuando el área era anteriormente una zona de cuarentena. Con los años, se han vuelto xenófobos, confiando solo los unos en los otros y actuando de manera hostil hacia los extraños.
Los serafitas se formaron en Seattle unos años después del brote. Surgieron después de que la gente comenzó a seguir a un fanático religioso en la ciudad, una mujer que se consideraba una profeta y predicaba que la caída de la humanidad ante la infección cerebral de Cordyceps fue provocada por su propio pecado y sus esfuerzos por vivir en un mundo dependiente de las máquinas.
Con el tiempo, cientos se unieron a sus seguidores y capitalizaron la guerra de los lobos con FEDRA para formar su propia comunidad en una isla a pocas millas de la costa de Seattle. Construyendo sus casas a partir de árboles y creando sus propias granjas, los Serafitas se convirtieron en una próspera comunidad de aproximadamente mil personas, aunque Yara mencionó que solo alrededor de la mitad de ellos estaban entrenados para el combate. Desarrollaron varias aldeas en la isla e hicieron una ciudad que se denominó "Refugio" donde vivía la mayoría de los civiles.
Una vez que FEDRA fue derrotado, el profeta escribió sus creencias y enseñanzas y comenzó a predicarlas a los miembros de su comunidad, esencialmente comenzando una religión entera. Después de su muerte, los ancianos de la comunidad se volvieron hostiles hacia el WLF en la ciudad principal y desencadenaron una guerra con ellos por el control de las áreas forestales, especialmente en los parques y en Martyr Gate. Crearon santuarios para honrar al profeta y obligaron a los miembros a aprender sus oraciones y cantos, especialmente entre los soldados durante el combate. Los ancianos también comenzaron una tradición de capturar intrusos y soldados del WLF y destriparlos mientras rezaban en un esfuerzo por expiar sus pecados. Según Lev, utilizaron las enseñanzas del profeta para justificar estos actos a pesar de que no se encontraban en sus textos sagrados.
Años después de la guerra, se negoció una paz entre los serafitas y el WLF. Sin embargo, las reservas y un creciente deseo entre los ancianos de controlar ciertas partes de la ciudad hicieron que la guerra estallara nuevamente. También comenzaron a aceptar personas de la WLF que desertaron mientras practicaran sus creencias. Los soldados también quedaron exentos de ciertos seguidores religiosos serafitas, en particular el decreto que les prohibía usar creaciones del "viejo mundo" (armas y electricidad) para facilitar el combate del WLF. También en algún momento hicieron bases en lo alto de los rascacielos, construyendo puentes entre los edificios para facilitar el desplazamiento por terrenos controlados por WLF.
Lev deseaba unirse a su hermana Yara en la nueva guerra, pero los ancianos hicieron arreglos para que se casara con otro serafita. Se negó y se afeitó la cabeza, un acto que se consideró blasfemo y traidor. Estos incidentes fueron raros pero lo suficientemente importantes como para que los ancianos los tildaran de apóstatas y permitieran sus asesinatos si los encontraban.
En la primavera de 2039, los serafitas volvieron a perder la guerra contra el WLF y sufrieron un ataque a gran escala en su isla. Los serafitas en las tierras de cultivo evacuaron a sus hijos lo mejor que pudieron a sus botes salvavidas, aunque muchos fueron destruidos por el WLF. Haven fue incendiada y estallaron combates entre los residentes de Haven y los soldados del WLF.
A pesar del ataque sorpresa, la resistencia de los Serafitas demostró ser demasiado para el WLF, con al menos tres batallones (Alpha, Bravo y Echo) todos derrotados en los combates nocturnos, incluida la compañía de Isaac. Yara comentó que los Serafitas habían estado esperando un ataque durante meses, de ahí su capacidad para lanzar un contraataque en pocas horas.
La lucha terminó con los Serafitas obligando a lo que quedaba de la fuerza de invasión del WLF a retirarse, aunque dejando gran parte de su isla y sus casas en ruinas.